由于监察内容的来源不同，正向行政效能监察与逆向行政效能监察的程序是不同的。正向行政效能监察是行政监察部门主动确定题目而开展的监察，逆向行政效能监察是监察部门根据受理投诉（或其他渠道）的内容开展的监察。

    1、正向行政效能监察的程序

    正向行政效能监察是效能监察部门主动出击、为全面了解监察对象行政效能建设的情况进行的监督检查活动。其步骤，一般分为四个阶段，即选题立项、制定计划；组织力量、实施检查；分清责任、作出处理；提出建议、改进管理。

    （1）选题立项、制定计划。实施正向行政效能监察，首要的问题是选题立项、制定计划。

    对监察项目的选定，要针对行政管理活动中的突出问题，有组织、有计划地进行的，重点解决群众反映强烈的热点问题、影响行政管理效能的突出问题、行政管理中的难点问题和不负责任的官僚主义、失职渎职问题。在确定具体项目时，要本着先易后难、先专项后综合的原则，选择领导重视、群众反映大、问题明显、易见效果的问题，作为行政效能监察的题目。有些严重问题则是通过核查和立案检查的办法去解决，结合立案检查，进行效能监察。

    制定计划，主要是根据确定的监察项目所涉及内容的多少、调查的难易程度、工作量的大小、力量组织以及可能遇到的问题，进行全面考虑。对于时间安排、具体步骤、工作要求和人员分工，都要作出详细的安排，使行政效能监察活动紧张而有秩序地进行。按要求首先进行自查，并写出自查报告。

    （2）组织力量、实施检查。在组织力量时，一是采取独立监察的形式，即由监察机关在本机关内抽出人员组成监察组，对特定的项目进行监察。这种形式比较灵活，易于组织，便于指挥和调动人员。二是监察机关与其他有关部门配合，共同抽调人员组成监察组。或由监察机关牵头，或由主管部门或者其他部门牵头。这种组织形式有利于发挥执法监督部门的整体效能，弥补监察机关的专业缺陷和力量不足。三是对那些单一的专项监察项目，在监察方案确定后，具体实施也可交由有关部门或者被监察单位，在监察机关的督促和指导下，按要求完成监察任务，作出专题报告。由于行政效能监察涉及面广、专业性强，在组织力量时，可以根据实际需要聘请有关方面的专家参加，进行综合评估或单项评估。

    行政效能监察调查、检查的方法主要是：宏观与微观、全面与重点、直接与间接、集体与个别、整体与抽样、书面与跟踪、问卷与当面调查、检查等等方法。但是，不管使用哪种方法，只靠一般访问式的调查、检查是不行的。必须通过听汇报、访问、座谈、现场勘察、查阅原始记录和资料、原有规章制度等，进行综合分析，做出实事求是的评价。

    在实施检查过程中，要组织有关人员认真学习有关政策、法规及行政管理知识，研究和采取恰当的方法开展工作。既要依法行使检查权、调查权，又要注意工作方法，争取监察对象的积极配合。要深入细致地搞好调查取证工作，掌握大量的资料和证据，查明所要调查的情况。在查明情况的基础上，客观地、全面地、历史地分析其原因，为监察处理打下基础。

    （3）分清责任、作出处理。在全面调查，搞清问题的基础上，研究行政效能监察的结论，作出认真的处理。首先要分清责任，分清是领导责任还是执行责任，是机关责任还是个人责任，是直接责任还是间接责任，是主要责任还是非主要责任，按情节及危害程度，区别对待，恰当处理。该批评教育的批评教育，该表扬奖励的表扬奖励。构成违纪的，要追究有关人员的纪律责任。构成违法犯罪的，要移交司法机关处理。

    （4）提出建议、改善管理。行政效能监察的出发点在于促进监察对象认真履行职责，改进行政管理，提高行政效能。因此，行政效能监察不能仅限于揭露问题和追究责任，还要帮助监察对象解决行政管理中存在的问题，堵塞行政管理中的漏洞，进一步加强制度建设，改善和加强行政管理。如果检查出的问题在该部门或系统具有普遍性，则通过《监察建议书》或《监察通知书》，请主管部门予以重视和解决，起到监察一点推动一片的作用。对于一些涉及全局性的问题以及行政效能监察中遇到的政策性问题，可以向党组和政府作出报告，发挥行政效能监察的组织协调和信息反馈作用。

    2、逆向效能监察的程序

    逆向行政效能监察的程序同监察机关调查处理政纪案件的程序一致，一般程序包括以下几个方面内容：

    （1）受理。监察机关分别受理下列涉及监察对象行政效能的线索和材料：公民、法人或其他组织检举、控告的；上级机关交办的；有关机关移送的；行为人自述的；监察机关发现的。受理线索和材料后，应当填写受理登记表，经监察机关负责人批准后，进行初步审查后，应当写出初步审查报告，经本机关负责人批准后，有重点的开展效能监察案件调查。

    （2）调查。效能案件调查前，要制定调查方案，调查方案主要包括调查人员的组成；应当查明的问题和线索；调查步骤、方法和措施等内容。然后组织实施调查，收集有关证据。调查终结后，写出案件调查报告。

    （3）审理。监察机关审理部门对需要审理的效能监察案件要进行审理。审理部门的审理内容是：案件事实是否清楚、证据是否确凿，定性是否准确，处理是否恰当，程序是否合法等。审理后还要写出审理报告。

    （4）处理。审理结束后，依效能案件不同情况进行处理。对需要给予党纪、政纪处分的，要制作监察决定书。对情节轻微，不需要追究行政责任的，提出监察建议书。

    （5）送达。监察决定、监察建议应当以书面形式送达有关单位或有关人员。有关单位、人员应当自收到监察决定或监察建议之日起，30日内将执行监察决定或者采纳监察建议情况通报监察部门。

    （6）反馈和备案。完成调查处理后，及时按照时限要求向批准领导和部门反馈情况，同时告知投诉人有关结果。监察部门对受理、调查、处理的投诉事项建立台账，存档备查。

    监察部门在办理效能监察事项过程中，发现所调查的事项不属于行政效能监察职责范围内的，应当移交有处理权的单位处理。